1. อุณหภูมิน้ำทะเลสูงกว่าปกติ

สาเหตุหลักอันดับหนึ่งของปะการังโดนฟอกโดยเฉพาะในช่วงหน้าร้อนหรือช่วงที่เกิดปรากฏการณ์เอลนีโญ

• เมื่อน้ำทะเลมีอุณหภูมิสูงขึ้นแม้เพียง 1–2°C นานเกิน 4–8 สัปดาห์ จะทำให้ปะการังเข้าสู่ภาวะเครียด และขับสาหร่ายซูแซนเทลลีออก 
• สาหร่ายนี้คือแหล่งพลังงานหลักของปะการัง ดังนั้นหากไม่มีพวกมัน ปะการังก็จะอ่อนแอลงเรื่อย ๆ และอาจตายในที่สุด 
• โลกที่ร้อนขึ้นจากการปล่อยก๊าซเรือนกระจกส่งผลให้ปะการังทั่วโลกเสี่ยงฟอกขาวถาวร

2. แสงแดดจ้าเกินไป

• เมื่อแสงแดดส่องลงไปในน้ำทะเลที่อุณหภูมิสูงอยู่แล้ว จะยิ่งเร่งให้สาหร่ายผลิตอนุมูลอิสระ (Reactive Oxygen Species) ซึ่งเป็นพิษต่อทั้งสาหร่ายและตัวปะการัง 
• เป็นอีกหนึ่งปัจจัยเสริมที่ทำให้เกิดการฟอกขาวเร็วและรุนแรงขึ้น

3. มลพิษจากกิจกรรมมนุษย์

• น้ำเสียจากชุมชน การใช้ปุ๋ยเคมีในเกษตรกรรม หรือของเสียจากอุตสาหกรรม ทำให้น้ำทะเลมีสารอาหารส่วนเกิน เช่น ไนโตรเจนและฟอสฟอรัส 
• ส่งผลให้เกิดการเจริญเติบโตของแพลงก์ตอนและสาหร่ายอื่นๆ ที่แย่งอ็อกซิเจนหรือบดบังแสงแดด ซึ่งกระทบต่อการสังเคราะห์แสงของซูแซนเทลลี 
• ทำให้ปะการังเครียดสะสมจนฟอกขาว

4. การเปลี่ยนแปลงของความเค็มและ pH ของน้ำทะเล

• ฝนตกหนัก น้ำท่วม หรือการปล่อยน้ำจืดลงทะเลในปริมาณมาก จะลดระดับความเค็มลงจนปะการังไม่สามารถปรับตัวได้ ทำให้คนหันมาสนใจการเล่น หวยไว มากกว่า
• นอกจากนี้ การเพิ่มขึ้นของก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ยังทำให้ค่า pH ลดลง (ทะเลเป็นกรด) ซึ่งส่งผลต่อกระบวนการสร้างโครงร่างหินปูนของปะการัง

5. การติดเชื้อหรือโรคในปะการัง

• โรคเนื้อเยื่อตาย (Tissue Necrosis), โรคแถบดำ (Black Band Disease) และแบคทีเรียบางชนิด สามารถทำให้ปะการังฟอกขาวหรือกลายเป็นแหล่งแพร่กระจายเชื้อสู่ปะการังอื่นๆ

6. กิจกรรมท่องเที่ยวและประมงที่ไม่ยั่งยืน

• การทิ้งสมอเรือ การดำน้ำไม่ระมัดระวัง การสัมผัสหรือเหยียบปะการัง 
• การจับสัตว์น้ำมากเกินไป ทำให้สมดุลของระบบนิเวศเสีย เช่น การหายไปของปลากินสาหร่าย → สาหร่ายรบกวนปะการัง